海淀区水务局是负责本区水行政管理工作的政府工作部门，其主要职责：
1、贯彻执行国家及北京市有关水务工作的方针、政策和法律、法规，制定适合我区情况的水行政条规并组织实施。
2、制定本区水务发展中长期规划和年度工作计划，并监督、组织实施。
3、负责统一管理本区水资源（地表水、地下水、再生水）；会同有关部门拟订本区水资源中长期和年度供求计划，并监督实施；实施水资源论证制度、取水许可制度和水资源费征收管理制度；负责区管机井的管理；制定水资源的保护措施并进行监督管理；受区政府委托，协调和处理水事纠纷。
4、监督指导本区供水排水工作；负责城镇地表供水及其供水工程的建设；指导、协调农村水务基本建设和管理；指导农民安全饮水；组织实施排水许可制度。
5、负责本区节约用水工作，组织编制辖区内节水的中长期发展规划和年度工作计划，拟定节约用水办法；负责做好城区市政供水管网的节约用水工作；开展节水型社会建设工作，依法查处浪费水资源的违法案件。
6、负责本区水务系统管理；负责区属河道、水库、湖泊、堤防的管理、保护、综合治理与开发工作；负责区管河道水功能区划；依法对区政府界定的河道及水利工程保护范围内的建设项目进行审查、评价。
7、承担海淀区人民政府防汛抗旱指挥部（海淀区防汛抗旱应急指挥部）的日常工作，组织、监督、协调、指导全区防汛抗旱工作。
8、负责本区水文管理、水土保持、雨洪利用和水环境保护工作；编制水土保持规划；制定预防和治理水土流失的措施，并依法实施监督和处罚。
9、承担海淀区人民政府农田水利基本建设指挥部办公室日常管理工作；管理本区水务工程建设，组织协调跨乡镇的重要水务工程建设工作。
10、负责协调本区水务突发事件的应急管理和处理工作。
11、组织、实施本区水务监察及水行政执法工作；依法负责水务方面的行政许可工作。
12、配合有关部门贯彻落实政府有关水利的价格、信贷等政策。
13、负责本区水务科技工作和水务科技项目的推广应用。
14、安全监督（管理）职责：
负责本区水工程设施、防洪工程设施、水土保持设施安全的监督管理，并承担相应的监管职责。
在履行法律法规规定的行政许可职责中，对涉及安全的有关事项严格按照有关规定审查把关，对已批准的行政许可事项和未经批准擅自从事有关活动的，依法承担相应的管理责任。
负责本机关及所属单位的安全工作，并承担相应的领导责任。
15、负责组织落实本区总河长、副总河长、执行河长、河湖区级河长部署的工作任务；负责研究拟定本区河长制工作计划方案并组织实施；负责协调推进全区河湖生态环境管理相关事宜；负责全区河长制工作监督、检查、考核、评比、培训等工作；负责相关信息与宣传工作；承担区河长制办公室日常工作；做好临时交办任务。
16、承办区政府交办的其他事项。